בעבר היתה לרשם החברות סמכות למחוק חברה לא פעילה.
רשם החברות נהג להשתמש בסמכותו זו כלפי חברות שלא שילמו את האגרות השנתיות או לא הגישו דוחות שנתיים.
חוק החברות שינה את הדין בעניין וסמכותו זו של רשם החברות בוטלה וכתוצאה מכך רשומות כיום בפנקס החברות אלפי חברות שהפסיקו פעילותן.
עם זאת, לפי חוק החברות, רשאי רשם החברות להטיל עיצום כספי ( = קנס) על חברות אינן משלמות אגרות, אינן מגישות דו"ח שנתי או אינן מגישות דיווחים לרשם וכו' .
סכום העיצום הכספי עומד הוא כ- 9,000 ₪ (כאשר סכום זה מתעדכן לפי עליית המדד).
חוק החברות מאפשר לרשם החברות לגבות את הקנסות באופן אישי גם מהדירקטורים של החברה.